Très tôt, Bonnard montre un intérêt pour les lettres, le latin, le grec et la philosophie ainsi que pour le dessin et la couleur. En 1885, après avoir obtenu son baccalauréat, il entre en faculté de droit, selon les désirs de son père. Il obtient sa licence en 1888. Il suit en même temps les cours de l'Académie Julian et est admis à l'École des Beaux-Arts, où il rencontre Vuillard, de qui il se rapproche. Il découvre la peinture de Gauguin, Degas, Monet, Cézanne...

Pierre Bonnard adhère au groupe artistique des Nabis, composé, entre autres, d'Édouard Vuillard, Maurice Denis, Félix Vallotton... Il est fortement influencé par les idées de Paul Gauguin, et également très intéressé par la vogue du japonisme. Tout particulièrement marqué par cette dernière tendance, et la conception différente de la perspective et de l'espace que l'on retrouve dans le kakemono, Pierre Bonnard reçoit alors le surnom de "Nabi japonard". Ce mouvement a également pour caractéristiques l'exaltation de la couleur, la simplification de la forme et la sublimation du quotidien, auquel les Nabis confèrent un caractère atemporel.

En novembre 1889, Bonnard prête serment d'avocat. Dans l'année 1890, il se rend tous les jours au Parquet. Il y dessine les hommes de loi. Cette année là il effectue une période militaire, comme soldat de 2e classe, au 52e régiment d'Infanterie à Bourgouin. C'est l'origine de sa toile L'Exercice, dans laquelle il manie des tons purs.

Les Nabis s'avèrent également novateurs dans le domaine des arts graphiques, en réalisant des albums d'estampes et des livres illustrés. Pierre Bonnard est le premier Nabi à s'intéresser à l'affiche. Rejetant au départ le modelé de la peinture traditionnelle en faveur d'aplats de couleurs franches, cernés par une ligne évocatrice et élégante qui vise à l'effet décoratif, il trouve progressivement une voie toute personnelle, où il emploie pour peindre des sujets intimes, intérieurs, nus, fenêtres ouvertes sur le jardin, des effets impressionnistes servis par des palettes de couleurs légères et lumineuses, le tout soutenu par un sens très sûr de la composition et du dessin.

En 1891, il présente 3215 tableaux en 4 panneaux décoratifs au Salon des Indépendants. Cette même année, il exécute une commande pour France-Champagne, et abandonne du même coup sa carrière juridique. Il fait alors la connaissance de Toulouse-Lautrec, avec qui il se lie d'amitié. Ils se retrouvent en concurrence pour un projet destiné au Moulin Rouge ; Lautrec l'emporte.

Au Salon des Indépendants de 1892, Bonnard présente Le Corsage à carreaux et La partie de croquet.

En 1893, il rencontre Marthe, née Maria Boursin, qui se fait appeler Marthe De Meligny, qui devient son modèle, puis sa femme. La même année est publiée Scène de famille, l'une des premières lithographie de Bonnard dans la revue L'Estampe. Après quoi il réalise d'autres lithographies pour la Revue Blanche, comme Parisiennes et La Femme au parapluie.

Lithographie de Pierre Bonnard

En 1897, Bonnard illustre de 18 dessins au pinceau un roman du Danois Peter Nansen, Marie, parue dans la Revue Blanche. Il est alors remarqué par Ambroise Vollard, et produit, sur sa demande, 109 lithographies pour un ouvrage de poésies libres de Verlaine, Parallèlement. Il renouvelle l'expérience, toujours sur la demande de Vollard, pour Daphnis et Chloé.

Dans le début des années 1900, Bonnard voyage beaucoup à l'étranger. D'abord à Venise et à Milan en 1899, avec Roussel et Vuillard, puis en Espagne en 1901, Séville, Grenade, Tolède, Madrid. En 1905 et 1906, il entreprend une croisière en Belgique et en Hollande.

Il achète en 1926 la Villa Le Bosquet au Cannet, dans laquelle il se retire pendant la guerre dès 1939 et où il passe les dernières années de sa vie.

Il traverse ensuite une période sombre, durant laquelle il peint des intérieurs et des scènes de rues nocturnes.

Son unique compagne Marthe meurt en 1942.