Fils aîné d'une famille de quatre enfants, son père Alexandre Emile Auburtin, (1838-1899), architecte de la Ville de Paris est originaire de la Lorraine. Il est inscrit à l'Ecole Alsacienne de Paris en 1875. Il ira jusqu'en rhétorique avec André Gide et Pierre Louÿs

Formé dans sa jeunesse par le peintre Théodore Devilly, il intégre l'École nationale supérieure des beaux-arts, il quitte l'école sans présenter le concours du Prix de Rome, préférant convoler en l'église Saint Sulpice en juste noce avec la soeur d'un de ses condisciple de l'école Alsacienne: Marthe Deloye fille d'un général d'artillerie. Le couple partira en 1893 pour un long voyage de noce à travers l'Italie, visitant tour à tour Naples, Florence et Pompéi et rentreront en 1895.

A, Banyuls en Août nous le retrouvons en Septembre 1897 à Roscoff dans le Finistère d'où il rapporte de nombreux croquis qui lui permettrons de réaliser : " Le fond de la mer tableau destiné à orner l'amphithéatre de zoologie de la Sorbonne. Cette oeuvre sera réalisée en 1898 et déposée ultérieurement et conservée au Dépôt des Oeuvres d'Art de la Ville de Paris. Il voyage entre Porquerolles, la Corse, la Bretagne et Talloires sur les bords du Lac d'Annecy chez ses amis Monsieur Albert Besnard,(1849-1934) peintre et sa femme Charlotte Gabrielle Besnard, née Dubray,( 1855-1930) sculpteur et fille de sculpteur

En 1900 il semble avoir participé à la décoration soit ; du passage ou du restaurant Le Train Bleu de la Gare de Lyon à Paris, son nom apparaîssant dans divers documents, l'oeuvre n'est pas localisée à ce jour et a peut être fait partie des peintures remplacées en 1905. Il était du cercle des amis de Marius Toudoire architecte en charge de la décoration de cette gare.

Il découvre Varengeville-sur-Mer en 1904 et demande à son frère architecte de lui construire une maison dans ce site remarquable. Il achéte un terrain en 1907 et demande à son frère Jacques Marcel Auburtin, (1872-1926) également architecte de lui construire une maison. Il se lie d'amitié avec Guillaume Mallet créateur du Bois des Moutiers dans le village de Varengeville, déjà immortalisé en 1882 par Claude Monet et Camille Pissaro en 1899

Il a également sur le quai Carnot, à Saint-Cloud un atelier parisien ou il reçoit Auguste Rodin avec lequel il partage en plus de l'amitié quelques modèles qu'ils échangent au gré de leur travail. C'est dans cette atelier que son amie, la danseuse américaine Loïe Fuller donnera en 1914 un spectacle avec sa troupe.

Il existe depuis 2005 une Association ; les Amis et Descendants de Jean Francis Auburtin dont le siège social est à la mairie de Nantiat, Haute-Vienne dont le but est de réaliser un catalogue raisonné de l'artiste , de faire connaître et promouvoir son oeuvre.